Khi thực hiện chủ trương xóa bỏ công chức, ngoài mặt tích cực thì còn có mặt tiêu. Khi hiệu trưởng có quyền tự quyết nhân sự thì rất dễ dẫn đến việc lạm quyền trong quản lý điều hành.
Phân tích về chủ trương bỏ công chức, viên chức của Bộ Giáo dục và Đào tạo, phó giáo sư Trần Xuân Nhĩ - nguyên Thứ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo chia sẻ rằng: "Chủ trương này thực chất là việc khoán quỹ lương, khoán chất lượng cho các cơ sở giáo dục phổ thông. Mục đích cuối cùng là để các trường phổ thông sử dụng đồng tiền nhà nước cho thật sự hiệu quả trong việc nâng cao chất lượng giáo dục". Ông Nhĩ cho rằng, việc chủ trương xóa bỏ công chức viên chức giúp thay đổi và nâng cao chất lượng giáo dục. Thực hiện chủ trương này, ngành giáo dục sẽ không còn cảnh giáo viên vẫn nhận lương đều đặn hàng tháng mà không lo mất chỗ đứng, trong khi chất lượng giáo dục rất ít được cải thiện. Những giáo viên yếu kém sẽ bị đào thải để thay thế bằng những nhân lực chất lượng cao.
Tiến sĩ Nguyễn Văn Khải cũng nhận định, Chủ trương xóa bỏ công chức, viên chức rất phù hợp với quy luật phát triển tất yếu của xã hội nói chung, ngành giáo dục nói riêng. Ông chia sẻ: “Xã hội càng ngày càng phát triển thì không chỉ giáo dục mà các thành phần nghề nghiệp khác trong xã hội cũng phải thay đổi theo để thích ứng với thời cuộc. Từ trước tới nay giáo viên đã sống quá phụ thuộc vào sự bao cấp của nhà nước, cho nên chúng ta cần một sự thay đổi để chấm dứt sự trì trệ cố hữu về tư duy, nhận thức trong ngành giáo dục.
Tuy nhiên, cùng với những mặt tích cực thì chủ trương xóa bỏ công chức, viên chức sẽ phát sinh một số mặt tiêu cực nếu như hiệu trưởng lạm quyền. Nhiều giáo viên lo lắng sẽ bị đuổi việc mặc dù chất lượng giảng dạy tốt khi hiệu trưởng lạm quyền trong việc tuyển dụng, lập phe cánh, ưu tiên đến lợi ích nhóm trong quản lý điều hành.
Để giải quyết vấn đề này, Phó giáo sư Trần Xuân Nhĩ cho rằng cần thiết phải có chế tài quy định việc "phế truất" Hiệu trưởng nếu họ vi phạm, hoặc không hoàn thành nhiệm vụ được giao. Ông kiến nghị “Hiệu trưởng trong trường hợp này cần phải được xem như là người làm thuê cho nhà nước, trên cơ sở khoán chất lượng giáo dục. Do đó, chủ trương bỏ công chức, viên chức đối với giáo viên thì cũng cần bỏ hình thức biên chế đối với Hiệu trưởng để đảm bảo sự công bằng. Bên cạnh đó, cần tổ chức đánh giá về công tác quản lý, điều hành của Hiệu trưởng qua từng năm, để có phương án bố trí nhân sự cho hợp lý. Nếu anh không hoàn thành nhiệm vụ được giao, hoặc có vi phạm nghiêm trọng, thì tập thể giáo viên được quyền kiến nghị "phế truất" Hiệu trưởng".
